As Unidades de Investigação instaladas no IPB, reconhecidas pela Fundação para a Ciência e a Tecnologia, são atualmente as seguintes:

CIMO Centro de Investigação de Montanha

CeDRI CeDRI - Research Centre in Digitalization and Intelligent Robotics

CIEB CIEB - Centro de Investigação em Educação Básica

UNIAG Unidade de Investigação Aplicada em Gestão

CIDESD Centro de Investigação em Desporto, Saúde e Desenvolvimento Humano (Polo)