O IPB destaca-se pela oferta de formação de pós-graduação, fruto da qualificação do seu corpo docente (o mais qualificado do sistema de Ensino Superior Politécnico) e da qualidade dos seus recursos pedagógicos, técnicos e laboratoriais. Todos os ciclos de estudo de Mestrado encontram-se adequados ao Processo de Bolonha.
Ciências Agrárias e Recursos Naturais:
| 3041 | 6348 | Agroecologia (ESA) |
| 3041 | 6363 | Gestão de Recursos Florestais (ESA) |
| 3041 | 5012 | Produtos Naturais e Bioaplicações (ESA) |
| 3041 | 5026 | Tecnologias da Ciência Animal (ESA) |
Ciências Empresariais e Direito:
| 3045 | 5047 | Administração Autárquica (EsACT) |
| 1000 | 0005 | Contabilidade e Finanças - Mestrado APNOR (1) |
| 3043 | 5054 | Empreendedorismo e Inovação (ESTIG) Informação adicional |
| 1000 | 0001 | Gestão das Organizações (Especialização em Gestão de Empresas) - Mestrado APNOR (1) |
| 1000 | 0002 | Gestão das Organizações (Especialização em Gestão Publica) - Mestrado APNOR (1) |
| 3042 | 5028 | Tradução (ESE) |
Educação e Formação de Professores:
| 3042 | 6083 | Educação Ambiental (ESE) |
| 3042 | 5016 | Educação em Ciências (ESE) |
| 3042 | 5050 | Educação Pré-Escolar e Ensino do 1º Ciclo do Ensino Básico (ESE) |
| 3042 | 5051 | Ensino de Educação Musical no Ensino Básico (ESE) |
| 3042 | 5044 | Ensino do 1º Ciclo do Ensino Básico e de Matemática e Ciências Naturais no 2º Ciclo do Ensino Básico (ESE) |
| 3042 | 5008 | Ensino do 1º Ciclo do Ensino Básico e de Português e História e Geografia de Portugal no 2.º Ciclo do Ensino Básico (ESE) |
| 3042 | 1083 | TIC na Educação e Formação (ESE) |
Saúde e Proteção Social:
| 7015 | 5055 | Ciências Aplicadas da Saúde (Ramos Intervenção Comunitária e Biotecnologia) (ESSa) (2) |
| 3042 | 5017 | Educação Social - Educação e Intervenção ao Longo da Vida (ESE) |
| 7015 | 1208 | Enfermagem de Reabilitação (ESSa) |
| 3042 | 6125 | Exercício e Saúde (ESE) |
Tecnologias:
| 3041 | 5010 | Engenharia Biotecnológica (ESA) |
| 3043 | 6793 | Energias Renováveis e Eficiência Energética (ESTiG) |
| 3043 | 5024 | Engenharia da Construção (ESTiG) |
| 3043 | 9572 | Engenharia Industrial (Ramos Engenharia Eletrotécnica e Engenharia Mecânica) (ESTiG) |
| 3043 | 6362 | Engenharia Química (ESTiG) |
| 3043 | 5057 | Inovação de Produtos e Processos (ESA/ESTiG) Informação adicional |
| 3041 | 6369 | Qualidade e Segurança Alimentar (ESA) |
| 3043 | 5060 | Informática (ESTiG) |
| 3041 | 1076 | Tecnologia Ambiental (ESA) |
Turismo, Desporto e Lazer:
| 3045 | 5048 | Marketing Turístico (EsACT) |
Legenda:
| ESA | Escola Superior Agrária |
| EsACT | Escola de Comunicação, Administração e Turismo (Mirandela) |
| ESE | Escola Superior de Educação |
| ESSa | Escola Superior de Saúde |
| ESTiG | Escola Superior de Tecnologia e Gestão |
Mestrados em Associação:
(1) Mestrado em Associação da APNOR (Associação de Politécnicos do Norte): inclui os Institutos Politécnicos de Bragança, do Cávado e do Ave, do Porto e de Viana do Castelo (mais informação em www.apnor.pt)
(2) Mestrado em associação com o Instituto Politécnico da Guarda