O IPB destaca-se pela oferta de formação de pós-graduação, fruto da qualificação do seu corpo docente (o mais qualificado do sistema de Ensino Superior Politécnico) e da qualidade dos seus recursos pedagógicos, técnicos e laboratoriais. Todos os ciclos de estudo de Mestrado encontram-se adequados ao Processo de Bolonha.

Ciclos de estudos de Mestrado a funcionar no ano letivo de 2017/2018:


Ciências Agrárias e Recursos Naturais:
3041  5038  Agricultura Tropical (ESA) 
3041  6348  Agroecologia (ESA)
3041  6363  Gestão de Recursos Florestais (ESA) (lecionado na língua inglesa) 
3041  5026  Tecnologias da Ciência Animal (ESA)

Ciências Empresariais e Direito:
3045  5047  Administração Autárquica (EsACT) 
1000  0005  Contabilidade e Finanças - Mestrado APNOR (1) 
1000  0001  Gestão das Organizações (Especialização em Gestão de Empresas) - Mestrado APNOR (1) 
1000  0002  Gestão das Organizações (Especialização em Gestão Publica) - Mestrado APNOR (1) 

1000  0003  Gestão das Organizações (Especialização em Gestão de Unidades de Saúde) - Mestrado APNOR (1) 
1000  0004  Logística - Mestrado APNOR (1) 
3042  5028  Tradução (ESE)
 
Educação e Formação de Professores:
3042  5052  Educação Ambiental (ESE)
3042  5049  Educação Pré-Escolar (ESE)
3042  5050  Educação Pré-Escolar e Ensino do 1º Ciclo do Ensino Básico (ESE)
3042  5015  Ensino das Ciências (ESE)
3042  5051  Ensino de Educação Musical no Ensino Básico (ESE) 
3042  5043  Ensino do Inglês no 1º Ciclo do Ensino Básico (ESE) 
3042  5044  Ensino do 1º Ciclo do Ensino Básico e de Matemática e Ciências Naturais no 2º Ciclo do Ensino Básico (ESE)
3042  1083  Tecnologias de Informação e Comunicação na Educação e Formação (ESE)


Saúde e Proteção Social:
7015  1350  Cuidados Continuados  (ESSa)
3042  9284  Educação Social - Educação e Intervenção ao Longo da Vida (ESE)
7015  1208  Enfermagem de Reabilitação (ESSa)  (Confere o Título de Enfermeiro Especialista em Enfermagem de Reabilitação, atribuído pela Ordem dos Enfermeiros)
7015  5039  Enfermagem de Saúde Familiar (ESSa) (2) 
7015  5030  Enfermagem de Saúde Materna e Obstetrícia (ESSa) (3) (Confere o Título de Enfermeiro Especialista em Enfermagem de Saúde Materna e Obstetrícia, atribuído pela Ordem dos Enfermeiros)
7015  5040  Enfermagem Comunitária (ESSa)  (Confere o Título de Enfermeiro Especialista em Enfermagem Comunitária, atribuído pela Ordem dos Enfermeiros)
7015  5053  Enfermagem Médico-Cirúrgica (ESSa)  (Confere Título Especial de Especialista, atribuído pela Ordem dos Enfermeiros)
3042  6125  Exercício e Saúde (ESE)
3041  5031  Farmácia e Química dos Produtos Naturais (ESA/ ESSa) - DUPLA DIPLOMAÇÃO (4)